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离子注入技术主要有以下几方面的优点：
（1）注入的离子是通过质量分析器选取出来的，被选取的离子纯度高，能量单一，从而保证了掺杂纯度不受杂质源纯度的影响即掺杂纯度高。
（2）注入剂量在1011一1017离子／cm2的较宽范围内，同一平面内的杂质均匀度可保证在±1％的精度。大面积均匀掺杂
（3）离子注入温度低，衬底一般是保持在室温或低于400℃。因此，像二氧化硅、氮化硅、光刻胶,铝等都可以用来作为选择掺杂的掩蔽膜。对器件制造中的自对准掩蔽技术给予更大的灵活性，这是热扩散方法根本做不到的。
（4）离子注入深度是随离子能量的增加而增加。 可精确控制掺杂浓度和深度
（5）根据需要可从几十种元素中挑选合适的N型或P型杂质进行掺杂。能容易地掺入多种杂质
（6）离子注入时的衬底温度较低（小于600℃ ），这样就可以避免高温扩散所引起的热缺陷。同时横向效应比热扩散小得多。
（7）表面浓度不受固溶度限制，可做到浅结低浓度 或深结高浓度。
离子注入技术也以下3方面的缺点：
（1）会产生缺陷，甚至非晶化，必须经高温退火加以改进
（2）设备相对复杂、相对昂贵（尤其是超低能量离子注入机）
（3）有不安全因素，如高压、有毒气体
目前常用的解决方法有三种
（1）是将硅片相对注入的离子运动方向倾斜一个角度，7度左右最佳；
（2）是对硅片表面铺上一层非结晶系的材料，使入射的注入离子在进入硅片衬底之前，在非结晶层里与无固定排列方式的非结晶系原子产生碰撞而散射，这样可以减弱沟道效应；（表面用SiO2层掩膜）
（3）是用Si, Ge, F, Ar等离子对硅片表面先进行一次离子注入，使表面预非晶化，形成非晶层 (Pre-amorphization) 然后进入离子注入。
这三种方法都是利用增加注入离子与其他原子碰撞来降低沟道效应
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